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由于二級法人本身不能獨立承擔法律責任，在保證質量活動的公正性方面存在著某些不同于一級法人實驗室之處。為此，通常規定如下：
（1）母體組織的最高管理者授實驗室開展檢測/校準活動，承諾為其承擔法律責任。
書面授權的文件應說明授權內容和授權有效期，規定實驗室可以自主采取的行為，聲明在業務行文、簽訂合同、計劃管理等方面具有相對獨立性，明確可以享受的財產分配和處置權，以便使二級法人在享有部分自主權的前提下開展檢測/校準活動和實施質量管理，履行相應的法律義務。
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（2）限制和約束母體組織中的有關部門和人員，避免對實驗室檢測/校準活動可能造成的潛在利益沖突。
二級法人只是母體組織的一部分，不享有完全的人、財、物的處置分配權，在各種資源的獲取方面不得不受制于母體組織最高管理者以外的其他領導者或其他部門，當母體組織中其他領導者或其他部門提出有違于公正性、獨立性和誠心度的某些要求或建議時，實驗室會擔心，拒絕他們的要求是否會使自己的正當利益受損。因此，作為母體組織，有必要對其他部門和人員的行為做出一些限制和約束，并形成書面文件。
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（3）最高管理者兼任二級法人實驗室的負責人，實驗室在組織結構上應獨立于生產、財務、商貿經營部門并不受其管轄，而接受母體組織的直接領導。
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有時母體組織的最高管理者可能無暇顧及實驗室的具體工作，需要設立常務副主任主持日常工作；但由最高管理者兼任二級法人實驗室的負責人，可以保證實驗室日常工作的管理者和母體組織最高管理者的直接接觸和有效溝通。反之，如果缺乏最高管理者應有的關注，各種明文規定可能會留于形式，不能真正起到作用。為此，實驗室在組織結構上應接受母體組織的直接領導，以便有利于資源的獲取和利益的維護。
